La colonoscopia permite diagnosticar las enfermedades del recto y colon. Al diagnóstico puede llegarse mediante la visualización directa de las lesiones o con la toma de muestras (biopsias) de forma indolora, permitiendo conocer la naturaleza benigna o maligna de las lesiones.
La colonoscopia es muy importante en la detección precoz del cáncer de colon y recto porque la mayoría de estos tumores han sido previamente pólipos que después han degenerado, de tal modo que si se diagnostican, pueden extirparse mediante la colonoscopia y prevenir la aparición de tumores.